Fjarnám í MB er góður kostur fyrir þá sem ekki geta stundað nám á hefðbundin hátt. Í fjarnámi hafa nemendur aðgang að kennara sínum á ákveðnum tímum í gegnum tölvusamskipti og öllu efni er miðlað á vefumsjónarkerfi. Verkefni eru þannig sett inn á kennslukerfi (Moodle) skólans sem nemendur fá aðgang að og þangað sækja nemendur verkefnin og skila einnig. Í Menntaskóla Borgarfjarðar er mikil áhersla á verkefnamiðað nám þar sem nemendur þurfa að vera virkir og kennarar vinna sem leiðbeinendur eða verkstjórar. Fjarnemendur mæta aldrei í skólann en eru þó velkomnir í tíma ef það hentar. Samskipti nemenda og kennara fara að mestu leyti fram í gegnum tölvupóst en nemendur geta þó hringt til að fara yfir stöðuna með kennurum.
Námsefni og kröfur í fjarnámi MB eru þær sömu og í dagskóla og því nota fjarnemendur sömu kennslubækur og gögn og aðrir nemendur skólans.