Sterk tengsl við náttúruna eru í hávegum höfð 
Sýnikennsla og tilraunir er stór hluti námsins 
Vinnuaðstaða er til fyrirmyndar 
Vinnusemi er dyggð
Náttúrufræðibraut
Á náttúrufræðibraut MB er lögð áhersla á kjarnagreinar og raunvísindagreinar, s.s. eðlisfræði, efnafræði, líffræði og jarðfræði. Markmið náttúrufræðibrautar er að búa nemendur undir nám í raunvísindum og skyldum greinum á háskólastigi. Nám á náttúrufræðibraut er 200 einingar og það samanstendur af kjarna (187 ein.) og vali (13 ein.). Nemandi sem staðist hefur grunnskólapróf í kjarnagreinum getur lokið námi á brautinni á þremur árum. Til þess þarf hann að ljúka 33-35 einingum á hverri önn. Hann þarf einnig að huga vel að þrepaskiptingu í öllum greinum og átta sig á að sumir áfangar eru ekki í boði á hverri önn.
Náttúrufræðibraut með búfræðisviði
Þar eru nemendur búnir undir háskólanám í náttúruvísindum, búvísindum og dýralækningum og tekur að jafnaði fjögur ár. Nemendur taka tvö fyrstu árin í Menntaskóla Borgarfjarðar þar sem megináherslan er á kjarnagreinar til stúdentsprófs og valdar greinar á sviði raunvísinda. Tvö seinni árin taka nemendur við búfræðibrautina á Hvanneyri. Nemendur útskrifast með stúdentspróf frá Menntaskóla Borgarfjarðar og búfræðipróf frá Landbúnaðarháskóla Íslands.