Menntaskóli Borgarfjarðar er áfangaskóli sem býður upp á fjórar bóknámsbrautir til stúdentsprófs; opna braut, félagsfræðabraut, náttúrufræðibraut og íþróttafræðibraut. Innan náttúrufræðibrautar geta nemendur valið að taka búfræðisvið. Nám til stúdentsprófs er skipulagt sem þriggja ára nám. Nemendur geta einnig valið framhaldsskólabraut þar sem áhersla er á undirbúning undir nám á stúdentsprófsbraut, annað nám eða eftir atvikum þátttöku í atvinnulífi. Við skólann er starfrækt starfsbraut fyrir nemendur sem hafa greiningu fagaðila og geta ekki nýtt sér annað nám við skólann. Nám á starfsbraut tekur fjögur ár.
Menntaskóli Borgarfjarðar á í margvíslegu samstarfi við nærsamfélagið. Fjölbreytt samstarf er við skóla héraðsins og atvinnulífið. Menntaskóli Borgarfjarðar er aðili að Fjarmenntaskólanum. Skólinn á einnig í samstarfi við erlenda skóla varðandi styrki til þróunarstarfs og gagnkvæmra námsferða.
Menntaskóli Borgarfjarðar hefur frá upphafi haft framsækni að leiðarljósi og farið ótroðnar slóðir í kennsluháttum og námsmati. Við skólann eru engin lokapróf, þess í stað er áhersla lögð á verkefnavinnu og smærri próf. Námsmat skólans er í formi leiðsagnarmats. Skólinn er lítill og einkennist af persónulegum samskiptum. Aðstaða til náms og félagsstarfs er mjög góð í skólanum.